东嘎寺历经宁玛派、噶举派、萨迦派，到十七世纪中叶开始盛行格鲁派。寺中珍藏有举世罕见的宝物，即该寺第四任堪布桑布钦布的两条径骨和空行母丝萨曲珍的头颅